Intenta instalarle un xp, solo el inicio de la instalación para ver si al reiniciar si que sigue con dicha instalación y descartar problemas externos y saber que es cosa del win2000.
Si con el xp te reinicia y sigue la instalación, córtala e instala el 2000 formateando pero sin borrar la partición, a ver si asi te va.
Si de esa manera no te funciona también puedes probar instalarte un xp o win7 y luego con el wmware, virtual pc o similares instalarte el 2000 server.
Saludos