Pues la unica solucion que se me ocurre darte es instalarte algun sistema operativo en el propio pendrive.
Lo unico que debes tener en cuenta es tener al menos un pendrive de 2Gb. Y que solo podras usarlo en ordenadores que soporten arranque desde puerto USB.
Que yo recuerde ahora mismo existe el "Catux", una version de Linux para pendrive. Ademas creo recordar que tambien existe una version de WindowsXP.
Tan solo tendrias que buscar algo de informacion por Google.
Espero al menos te sirva de algo.