Custom Rom siempre, hasta en los Nexus.
Un launcher como Nova te va a cambiar el escritorio solamente. Una Custom Rom como CM te va a dejar modificar muchas cosas, como la barra de notificaciones, la de ajustes rápidos, la de navegación, el menú de apagado, la pantalla de bloqueo, los perfiles de energía del procesador, poner el modo inmersivo cuando quieras, etc.
La mayoría se pueden conseguir mediante root y xposed, pero no hay color entre el rendimiento(además de que algunas extensiones son incompatibles entre si) cuando tienes un puñado de extensiones puestas a que vaya integrado de manera nativa en el SO.