No suele ser el mismo programa. Los que bajas de la Store están preparados para "integrarse" con la UI de Windows 8 y 10 y suelen tener un tipo de interfaz mas universal (para que se puedan usar tanto desde equipos de escritorio como tablets)
Los exe que te bajas son los programas de toda la vida, cada uno con su interfaz sin integración con la UI de Windows y suelen ser compatibles con WIndows 7, 8 y 10.
Yo normalmente prefiero descargarme el exe, las apps de la Store de Windows deja bastante que desear.
