Imagino que actualizarás la bios mediante una consola de MS-Dos con algo del estilo "nombreEjecutale nuevaBios", lo que deberías hacer es buscar parámetros extra al ejecutar el programa de flasheo, quizá con algo del estilo:
"nombreEjecutable /?" o -? o /help. Debería salirte una lista de modificadores y alguno debe ser que ignore alertas y flashee de todas todas.