Si el juego tira mucho de GPU, no hay diferencias significativas. Pero si el juego optimiza mucho por multithreading, las diferencias pueden ser brutales:
http://www.overclock.net/t/659536/conta ... ng-resultsClaro que es entre 2 núcleos y 4 núcleos. Pocos son los juegos que llegen a usar más de 4 núcleos (con la nueva generación, quizas haya más

).
El tema de la programación concurrente es complicado, primero porque el diseño se complica, segundo porque solo sacan partido los que tengan al menos X núcleos (hay que elegir que X es adecuada). Los que tengan menos de esos X núcleos, sufrirán perdidas de rendimiento porque los threads tendrán que turnarse (a no ser que el motor gráfico "se adapte", lo cual supone otro desafio de diseño).
Como los juegos se hacen pensando en las consolas, pues no sale rentable abusar de la programación concurrente. En esta nueva generación con consolas de 8 núcleos, veremos más juegos pensados para correr concurrentemente

En tal caso, yo no lo desactivaría. Aunque sea para atender a otros programas en segundo plano, algo hará tener el Hyperthreading activado.