Por que el chip principal es un 68000, el cual se ha usado  en multitud de sistemas como,  ordenadores,  consolas, maquinas arcades, etc. Al ser tan popular existe mucha documentación técnica  sobre su funcionamiento. (ejemplo  mega drive, cps2, cps2, juegos mame como mazinger,  atari st, amiga 500,etc)
En general  es un chip único (acompañado de otros que tienen menos funciones)  que hace todo el trabajo, emulas bien el 68000 y  tienes emulada al 90% la neo geo.
La snes en cambio es un amasijo de componentes  que si el cpu, que si el chip del sonido, que el modo 7, que si  los cartucho super fx,  siendo una consola de nintendo y con hardware exclusivo la documentación técnica de la misma es muy limitda, obligando a los programadores  a buscarse la vida para  emularla.
Pero no es solo eso, ya que tambien  al tener diferentes chips y  hace mucho mas dificil su emulación ya que se debe emular todos en conjunto.
Otro ejemplo de lo mismo mira el emulador de psx o ps one normamente corren   en pcs  desde pentium 2 a 400 mhz y  van fluidos  como  virtual conectix, o el psxe  que este necesita un poco mas de maquina pero con un pentium 3  de 800 mhz vas sobrado, en cambio al emular la saturn  se necesita un pentium 4 de 3.g y recomendado  un dual core........   La saturn  es  mas potente que la psx??  es muy debatible pero si así  fuera  no como para necesitar un pc  4 o 5 veces mas potente para emularla en condiciones. Esto es por que   el emulador debe emular en total 7 chips o procesadores independientes .