La respuesta es muy facil. ( a grandes rasgos , y sin empleear grandes palanbros tecnicos , ni indagar al milimetro cual rinde mas o mejor ).
La cosa no es si coger sata o pciex.
La cosa es ¿ que velocidades quieres para ese SSD ?
Si es un ssd tipo vertex 2 , de 270mb aprox , sata2 te llega.
Si es tipo vertex 3 , de 500 mb/s aprox , asegurate que tu equipo tiene sata3 .
Si eres un usuario normal o algo exigente , uno de estos ultimo te tiene que sobrar por todos lados .
Si no le vas a dar el uso para el que están creados los ssd pciex , ni sopeses la idea.
SSD como el agility3 , tiene un precio interesante , unas velocidades de escandalo , y al 99,9 de todos nosotros , nos sobra!!!!! ( y yo , por ejemplo, soy muy exigente...).