HDD incompatible con placa base??

Hola, yo que tu probaría a meterme en la bios y fijarme en los parámetros del disco duro.
¿Tienes activado el AHCI? Deberías. Fijate que no esté el sata en modo IDE o algo parecido.
Fijate en Windows que no tengas programado el disco duro para que se apague al cabo de x minutos, si es así tiene sentido lo de que tarda en arrancar, yo lo tengo siempre encendido, hazlo así: haz como si quisieras cambiar el protector de pantalla, clica abajo de la ventana en "Cambiar configuración de energía", después fíjate que plan está marcado y clica en "cambiar la configuración del plan", después "Cambiar la configuración avanzada de energía", entonces ahí haz que el disco duro nunca se apague, eso en ordenadores de sobremesa no es necesario, en los portátiles si para que dure más la batería.
Sería útil que pusieras que es exactamente lo que dice windows de que "esta en las ultimas".
Saludos.

Lo que comentas ya estaba mirado .
He estado investigando y por lo visto habia cierto tipo de incompatibilidades con algun chip de amd y alguno de intel. Es raro porque lo he tenido puesto en otras placas y no ha habido ningun problema pero bueno, he actualizado el firmware y ya funciona bien, menos mal


Salu2

Se me olvidó mencionar lo de actualizar el firmware (tanto de la bios como del disco duro), pero si haciéndolo se ha solucionado el problema me alegro.
Saludos.