básicamente (y estoy echando mano de mi memoria, que igual me falla), el argumento del half life era el siguiente:
unos alien encuentran la forma de llegar a la tierra a través de un fallo en un experimento (en el que interviene freeman) que se basaba en la investigación de formas de vida alienígenas abriendo portales y trayendo a la tierra especímenes de otros planetas...
Los alien se lanzan "al abordaje" atacando con todo lo que tienen (comenzándo por el complejo Black Mesa, que es donde se realizó el experimento "fallido")...
G-man al parecer (nunca queda demasiado claro) está involucrado en estos experimentos y, al estilo de "el hombre que fuma" de Expediente X, pertenece a alguna oscura organización de inteligencia, la cual primero promueve estos experimentos, y después se dedica a "limpiar" la suciedad que generan... (en el caso del half life 1 con la ayuda inestimable de freeman, muy a su pesar)
Finalmente (ojo para los que no se han jugado el juego original que aquí hay spoiler) se descubrirá que toda la bichería que llegó a la tierra no eran los aliens "malos" sino simplemente otros extraterrestres que habían sido dominados con anterioridad por una tercera raza (los auténticos malvados) y que fueron obligados a luchar en la conquista de la tierra (de ahí que al final del half life 1 el enemigo final diga algo así como "nosotros también somos esclavos" o parecido)...
en el half life 2 realmente ya han llegado a la tierra los auténticos malotes y se han hecho con el control (por eso en tu bando aparecen algunas criaturas que en half life 1 son enemigos, simplemente se han liberado de la esclavitud de esa tercera raza alienígena) y G-man sigue estándo en esa organización secreta que lucha -a su manera- contra la invasión -por supuesto con la gran ayuda de freeman-...
seguro que alguna laguna hay en mi historia, pero así por lo que recuerdo la idea general sería esta...
un saludo