No, no, el manga es bastante posterior al anime.
En el dossier que r09 escribió sobre .Hack explica qué orden siguen las diversas historias.
La cronología iría así (copy-paste)

:
- .hack//AI Buster (novela)
- .hack//SIGN (TV)
- .hack//ZERO (novela)
- .hack//Liminality (OVA)
- .hack//INFECTION (juego)
- .hack//MUTATION (juego)
- .hack//OUTBREAK (juego)
- .hack//QUARANTINE (juego)
- .hack//Another Birth (novela basada en los juegos)
- .hack//Tasogare no Udewa Densetsu (manga/anime), también conocido como: .hack//Dusk, .hack//Legend of the Twilight o .hack//Udeden