@Saicrox Hola,has repasado la información de la placa base sobre los slot pciE.
Según las especificaciones de tu placa base:
1 x ranura PCI Express x16, ejecutándose en x16 (PCIEX16) (Nota 1)
Para un rendimiento óptimo, si solo se va a instalar una tarjeta gráfica PCI Express,
asegúrese de instalarlo en la ranura PCIEX16.
1 ranura PCI Express x16, ejecutándose en x8 (PCIEX8) (Nota 1)
La ranura PCIEX8 comparte el ancho de banda con la ranura PCIEX16. Cuando la ranura PCIEX8 es
poblada, la ranura PCIEX16 funciona en modo x8.
(Las ranuras PCIEX16 y PCIEX8 cumplen con el estándar PCI Express 3.0).
1 ranura PCI Express x16, ejecutándose en x4 (PCIEX4)
La ranura PCIEX4 comparte el ancho de banda con el conector M2B_SOCKET. El PCIEX4
la ranura deja de estar disponible cuando se instala un dispositivo en el conector M2B_SOCKET.
2 ranuras PCI Express x1
(Las ranuras PCIEX4 y PCI Express x1 cumplen con el estándar PCI Express 2.0).
Es muy extraño que no reconozca el puerto pciEx16,aun haciendo un cmos.
Cuando te da señal de video al colocarla en el pciEx8,puedes acceder al bios y ver como esta la configuración de los puertos pciE,puede que el numero 2 que corresponde al puerto pciEx16 esté desactivado,pero como digo si ya hicistes cmos,no creo que sea el caso,solo por probar,por que es muy extraño la verdad.