Sobre la misión de la comisaría, debes durar poco una vez dentro, si no recuerdo mal, cuando avanzas un poco más, una vez que te matan sales ya a la puerta de la comisaría y no desde el principio. No quiero poner spoilers, ya lo averiguarás.
Sobre lo de R3, si no tengo mal entendido, sólo puedes evitar las intros que ya has visualizado al menos una vez, no las de nuevas misiones, puede que sea eso lo que te pasa.
Un saludo.