Hay algunos programas para poder formatear en FAT, no te puedo decir alguno porque hace mucho que no lo necesito pero si se lo pides a google seguro encuentras la respuesta enseguida. Lo que no entiendo es porque windows no lo hace.
PD: Me acabo de acordar, Partition magic, te servirá aunque el procedimiento es algo complicadillo, si no entiendes de estas cosas, intenta encontrar alguno que no te haga crear un disco de arranque que los hay, y te resultará mas sencillo.