Buenas, lo que pasa es que creo que el virus reside en la máquina. Escanea con otro antivirus (avira, nod32, mcafee (si estás lo suficientemente loco), etc) tu disco duro, porque lo tienes ahí. Lo que entra en el pendrive es el troyanillo del virus para propagarse a otras máquinas. Échale un escaneo con el Malware Bytes, CCleaner y algún otro programa de anti-spyware.
Si quieres borrar el autorun.inf sin formatear, ve al MSDOS, y ve a la raiz de tu pendrive, y escribe ATTRIB. Te saldrá una lista con todos los ficheros existentes que hayan en la raiz del USB, tanto si están ocultos como si son ficheros del sistema. Si ves algunos que están marcados como "SHR", eso te indicará que son la mierdecilla acumulada en el USB. Para poder borrarlos, simplemente ejecuta este comando:
ATTRIB -S -H -R [nombre del fichero con extensión incluida]
DEL [nombre del fichero con extensión incluida]
Pero de todas maneras, creo que cada vez que pongas el USB en tu máquina el virus automáticamente enviará el troyano a tu USB por lo que primero me preocuparía de tener desinfectada la máquina.
Venga, suerte y que vaya bien.