Todo depende del uso que se le vaya a dar y como organizarse, el hacer particiones no el afectara en el rendimiento y sin embargo puede serle util.
Sobre para que es ese valor, pues es el tamaño que se le asignara a cada cluster, entre mas pequeño su valor mas se aprovecha el espacio del disco pero tambien aumenta el tiempo que le llevara al sistema del disco el encontrar un archivo o al momento de escribirlo.
Un ejemplo rapido y exagerado, digamos que asignas por tamaño de cluster de 4kB -4Kilo Byte-, si tienes un archivo que solo ocupe 512bytes -1/2 kByte- este ocupara solo una cuarta parte del cluster por lo que habrias desperdisiado 3/4 de Kbyte, si generas muchos archivos de 512KB estas desperdiciando casi el 75% de espacio de disco aunque quiza tengas una fragmentacion del disco mediana. Por el otro lado, si asignas un tamaño de cluster de 512Bytes no estarias desperdiciando nada pero al sistema le costara mas trabajo el buscar los archivos y le sera mas tardado el acomodar los archivos y podrias tener una fragmentacion mayor con los archioos grandes.