Quizás no funciono el disco de Win98 porque solo puede formatear unidades FAT. Lo mas seguro es que los discos duros tengan formato NTFS.
Ahora al problema, pues no tienes que hacer nada en especial. Yo tengo mi disco duro dividido en dos particiones, C y D. En D tengo todos mis archivos, y C es la partición para el sistema operativo, uso XP Home.
Y cuando necesito reinstalar el SO, solo meto mi CD de XP en la unidad, arranco desde esta (opción predeterminada en la BIOS de mi PC), selecciono la partición C, la formatea cuando me pregunta y listo, prosigue la instalación sin problema alguno.