segun e leido la limitacion a archivos de 4GB no es propia del sistema de archivos FAT32, sino a una limitacion impuesta por microsoft, con lo que algunas utilerias para el formateo ajernmas a microsoft si permiten mas de 4GB para los archivos en FAT32.
como sea, si el archivo de video esta en contenedor matroska -MKV- usando MKVMERGE_GUI del MKV ToolNix puedes dividir el video en base a varios parametros, que puede ser por tiempo o por tamaño del archivo, de igual forma al dividir -split- el video en varios trozos esta la opcion de vincular -link- los segmentos entre si, cin eso se comportan como si fuera un solo archivo al momento de reproducirse, ejemplo, digamos que el video dura 30 minutos y lo divides en 3 archivos de 10 minutos c/u, al estar vinculados entre si al abrri cualquiera de ellos en el reproductor aparece como duracion 30minutos y no solo los 10 minutos de ese archivo elegido. esta opcion es parte del estandar del contenedor matroska desde hace tiempo.
