Formatear HDD externo una sola particion

Hola. Hace unos días que mi HDD externo está empezando ha experimentar cosas raras cuando lo conecto al PC. No me lo detecta a la primera ni en el portátil ni en el de sobremesa (ambos con windows 8 por si es referencia). Sin embargo en la TV va como siempre, es decir que no me falla.

He pensado en formatearlo por si necesita una limpieza. El caso es que estoy pasando cosas al Pc pero no tengo espacio para pasarlo todo y quiero saber si es posible formatear primero una partición y después otra. El HDD tiene dos particiones y en ambas hay muchísimas cosas.

He pensado en pasar una partición al PC y formatear sólo esa partición y después poner todo en su sitio y hacer lo mismo con la partición 2. ¿Es posible? ¿No se me borrará nada?

Saludos!