El sistema operativo que tengas instalado, no tiene que ver con la manera en la que formatees el disco duro. Más bien depende del que quieras instalar después.
Si quieres formatear y volver a instalar el Vista, pues debes arrancar el equipo con el DVD del Vista.
Si quieres formatear e instalar el XP, pues debes arrancar el equipo con el CD del XP.
Lo que imagino que te ocurre es que cuando el CD de arranque detecta que ya tienes un Windows instalado, en vez de arrancar desde el CD directamente, te dice durante un par de segundos que si quieres arrancar desde el CD pulses la tecla Enter.
Saludos.