Yo creo que la convección del aire es despreciable en el momento en el que tu decides hacia donde quieres el flujo. No es una nave industrial de 5m de altura. La proporción de los ventiladores y del espacio a ventilar en la caja es muy alta como para que la convección influya.
No obstante, cuando tenga tiempo probaré los dos modos. Aunque poner los ventiladores de arriba opuestos a los de la gráfica no termino de verlo. Además la caja parece indicar que lo pongas como está, dado que los huecos de arriba tienen filtro, y el de atras y el de abajo no. Gracias por la sugerencia, la tendré en cuenta.
Lo que que he puesto mal es el disipador, tendría que girarlo 90 grados, porque ahora las láminas quedan impidiendo la salida de aire hacia atrás, pero tendría que desmontar el pc entero para cambialo.