Bueno, yo tengo una ati, pero creo que algo puedo ayudar.
En la aplicación donde se pueden configurar las opciones gráficas desde windows, si por ejemplo pongo AA 4x y AF 16x, directamente se aplican esas opciones, independientemente de las que tenga seleccionadas en las opciones gráficas de cada juego. Vamos, que tienen prioridad las opciones del Ati Tray Tools (el programa que me viene con los omega drivers) sobre las propias de cada juego. Y si no elijo ninguna opción, entonces se aplican las de cada juego.
Decir que aunque un juego no tenga la opción de cambiar la configuración gráfica, la puedes cambiar desde el panel de control de la tarjeta y funcionarán perfectamente.
A mí me ocurría una cosa y es que en unos juegos se aplicaba la configuración y en otros no. Entonces me dí cuenta de que las opciones gráficas de directx y de opengl van por separado. Vamos, que para configurar los gráficos de juegos que sean directx (la gran mayoría), tienes que ir al menú del panel de control dedicado a directx. Y para configurar los gráficos de juegos opengl (por ejemplo, Doom III), pues lo mismo, pero en el menú opengl.
Es probable que ese sea el problema, que estés configurando los gráficos de directx y estés jugando a juegos opengl, o viceversa.