Ok,se ve bien,no tiene pinta de que tu MODS la empeore si no mas bien lo contrario deberia de ir mejor.
Cuando tu observas que los ventiladores traseros hacen mas ruido,¿lo haces con los ventiladores extras apagados?si lo haces con ellos apagados el resultado es que rompes parte del encauzamiento de aire que proporciona el lector y que hace que el aire pase por todo el disipador de la GPU y por lo tanto,seria asi=SIN LECTOR+PEOR FLUJO DE AIRE A TRAVES DEL DISIPADOR+SIN VENTILADORES EXTRAS=MAYOR TEMPERATURA DE GPU Y MAS RPM DE VENTILADORES.
Este problema se solucionaria estando funcionando los ventiladores EXTRAS y ojo metiendo aire y no sacando,pero con lo cual ya se sumaria el ruido de estos ventiladores extras a los que ya hacen los originales de la consola y seria dificil distinguir cual es el que produce realmente mas ruido y si realmente hacen mas ruido que antes.
Te recomiendo que te compres unas sondas y midas las temperaturas de GPU y CPU,asi de esa manera sabras si las modificaciones que le haces dan el resultado esperado.