Si es una devolución de las mercancías facturadas, se trataría más bien de un abono, pero para el caso podemos hacer una factura rectificativa perfectamente.
Tienes que crear una serie especial para facturas rectificadas e ir generándolas correlativamente, igual que las facturas normales.
Luego ya, en la factura rectificativa, tendrás que poner la base, la cuota de iva y el total en negativo por el total rectificado, y además tendrás que identificar claramente que se trata de una factura rectificativa, qué factura es la que se está rectificando y cuál es el motivo.