@Notarioh Gracias por la respuesta. ¿tu crees que es por los permisos limitados? ya te digo que sólo pasa cuando conecto otro disco duro, con contenido que no son las roms (tipico disco almacen).
Tengo todo los necesario para que funcione por lo podria reinstalarlo desde un appimage pero al ser todo el emulador como "encapsulado" en un pack, no sabria donde poner las "herramientas" para abrir cerrojos.

asi que no se, seguramente opte por probarla a ver que tal.
edit: ya lo he instalado, via appimage. Me deja poner el emu donde quiera y lo he dejado en home. Instalados todos los extras y los juegos
funcionando perooooooo tengo otro problema. linux mint me ordena las apps según el tipo que son (juegos, oficina, administración etc) pero esta no me aparece listada en ninguna parte y tampoco tiene su icono, por lo que no se como ponerla en la barra inferior ni cómo hacer para que aparezca listado entre las apps. Por lo que para abrir el emu me toca ir a su carpeta en home y darle al icono genérico de una tuerca.
¿Algúna persona de buen corazón se anima a decirme cómo lo pongo bien? Me servirá para otras apps encapsuladas en appimage.