Al eliminar los virus tal ves te cargaste algun archivo del sistema necesario pata el arracque del explorer.
Dos opciones, para ambas se necesita el cd de windows:
-Primera: Dale a Control+Alt+Suprimir para abrir el administrador de tareas. Ejecuta CMD (esto abre la consola de windows), y tras asegurarte que esta el CD de windows insertado ejecuta SFC /SCANNOW desde la consola, esto recupera algunos de los archivos de windows. Si tras reiniciar el equipo este no arrancara igualmente, ya te toca reinstalar el sistema.
-Segunda: Reinstalacion del sistema. Inicia el equipo con el cd de windows insertado, accede a la instalacion de windows, y repara desde hay la instalacion manual, el instalador te avisara "Se ha encontrado una instalacion previa de windows, ¿Que desea hacer?" dale a reparar. Si asi no se soluciona pues ya formatea y reinstala.