Errores despues de desfragmentar el disco?

Hola , he estado teniendo este problema con mi pc , especialmente con los juegos despues de haber DESFRAGMENTADO ambas particiones del disco , cuando esta cargando/leyendo algo en la pc en el escritorio , ya sea instalando algo o abriendo muchas pestañas en el firefox o chrome como que el puntero del mouse deja de funcionar por instantes a veces hasta se hace muy seguido y tambien la trasnferencia de datos del disco es muy baja , cuando copio algo de C: a D: copia a 5mb o menos , ya he formateado varias veces y nada le he pasado el chkdsk y no encuentra errores tambien con el hd regenerator nada de errores , los juegos tambien me van lento lo cual antes de DESFRAGMENTAR no ocurria .

tengo una : Intel(R) Core(TM) i5-2320 CPU @ 3.00GHz (4 CPUs), ~3.2GHz
4GB de ram
tarjeta grafica AMD Radeon HD 6670
HDD ST500DM002-1BC142 Seagate Barracuda
Motherboard P67A-D3-B3 Gigabyte
S.O Windows 7 Ultimate 64

Gracias de antemano , espero me puedan ayudar , ya llevo con este problema por 2 semanas , espero que no sea nada de hardware x_x