CIertamente, cuidado con los discos viejos, te relentizara el sistema, yo de ti lo qitaria, y si resulves el problema vuelvelo a poner, para comprobar diferencias
Los sata con q tengas el sp1 te basta, no te aconsejo el sp2 para nada.De todas formas esto del service pack solo es para q te pille mas de 130 gigas, es decir, no deberia tener nada q ver con lo de congelarse, aunq si es facil q te ocurra con ese disco antiguo, cuando pagina memoria en el (apuesto a q tienes el XP metido en el disco de 40)
Los problemas A y B seguramente te vendran por la configuracion del sata desde la bios, teines el disco de 40 gigas como maestro primario y el sata como secundario verdad ?, es decir, seguro q no tienes el sata de maestro.
Asegurate de tener tb los ultimos controladores de la placa, e intenta configurarte bien el Sata para q te lo piye sin el de 40, cambialo de conector por ejemplo, a veces los eide vienen mal serigrafiados y el 0 es en verdad el 1 etc...