Si el punto de inflexión fué el cambio de la pasta térmica, ése debe ser el motivo por el que flutúe tanto la temperatura, yo apostaría por un mal contacto en alguna zona de la gpu con la pasta térmica, igual al montarla por algo como la altura de las almohadillas térmicas ( por decir algo ) no hay buen contacto, lo digo porque si se corresponde el aumento de las temps con una subida de frecuencias pues parece obvio.
Dejo por aquí un consejo que me vino bien hace tiempo:
Cambia la torre y ponla boca abajo y mira las temps.
Me pasó hace años con una gpu de gama alta de entonces, todo parecía bien pero en realidad no estaba, el peso del propio disipa hacía que perdiese un poco de contacto con la gpu así que probando cosas una fué poner la caja al revés, de modo que el disipa quedase en la parte superior de el circuito impreso de la gráfica... y eso fué lo que lo solucionó, al final no lo pude arreglar pero pcccomponentes me aceptó el rma de la gráfica y me la cambiaron.
No cuesta nada y te puede dar pistas sobre si el disipa está bien asentado, o no, con respecto a la gpu, porfa no dejes de comentar que tengo curiosidad