No lo estas haciendo mal,el disco duro tienes que hacerle el formateo a bajo nivel desde un PC con puerto SATA,el formateo a bajo nivel no es como el formateo normal,el formateo normal prepara los sectores y las pistas en los que se dividen todos los discos duro,el formateo normal deja restos del sistema de la PS3 sin borrar.
El formateo a bajo nivel hace un formateo "fisico"es decir borra completo el disco duro sin dejar nada de nada y lo deja como recien salido de fabrica.
Lo que tienes que hacer es hacer un formateo a bajo nivel usando el programa que te puse antes desde el PC,despues metes en otra PS3 y nada mas encenderla entras directamente en el recovery(no lo formatees en esa consola),selecciona "Restaurar sistema de archivos" y espera a que termine,cuando acabe apagala directamente y saca tu disco duro,entonces lo metes en tu PS3 que te falla y entras tambien directamente al Recovery,hay seleccionas Actualizar el firmware y con el Pendrive ya metido actualizas y esperas a que termine,si todo ha salido bien deberia de actualizar y volver a funcionar la consola.
Un saludo.