Aparentemente no es un problema del disco externo, porque la velocidad de la conexión "cae" cada pocos minutos.
Intenta descargar de nuevo directamente a un disco interno a ver si se mantienen esos picos, así al menos puedes empezar a buscar cual es el problema real, porque la velocidad de transferencia de un USB en principio da mas que de sobra para las velocidades de e-mule