Aunq use NTFS seguira teniendo ese problema, porq no es del formato de cluster sino del propio emule.
La version 45b ya es vieja y tiene ese problema, como te comenta Cosmiton, actualiza.
Pon la 47c con ofuscacion.
De todas formas para cambiar de FAT32 a NTFS lo mas rapido y sencillo es usar este comando:
convert X: /FS:NTFS
Donde X es la particion a formatear.
No pierdes ningun dato.
Pero ya digo, q es cuestion del emule.