Gracias. Asi es, la cuestion es que las carpetas se han creado en los dos sitios a la vez, tanto en Program Files (x86) como en AppData\Local\VirtualStore. A mi lo que me gustaria es que fuese como antes y que todo trabajase desde Program Files (x86), guardandose asi los archivos en la incoming, entonces, ¿quieres decir que borre las carpetas de Program Files (x86) y pase las de Virtualstore a Program Files (x86)? Es que aunque haga eso, las carpetas seguirian creandose en virtualstore.
EDITADO: Solucion, no instalar emule en program files (x86), instalarlo en C: mismo y asi ya no se crea la dichosa carpeta en virtualstore.