Cuando termina la descarga, lo que hace es comprobar el hashset, aparte de escribirlo, y tira de disco duro que lo flipas, con lo cual, si andas corto de memoria y tienes abiertos unos cuantos programas, la RAM estará petadilla y parte del codigo y datos de estos programas habrán ido a la memoria virtual (en el disco duro). Al intentar coger datos de la memoria virtual necesarios para la ejecucionde estos programas, no puede por que el emule se lo esta comiendo vivo. Asi que todo se bloquea bastante. Depende tambien del tamaño del archivo.
Saludos.