El modelo que has indicado de la Bitfenix Prodigy es el mini-ITX, tendrías que elegir la Prodigy M, que es la pensada para micro-ATX.
Por gusto, yo elegiría la Bitfenix. Otra cosa son tus necesidades.
La caja de Bitfenix es la de menor tamaño, y las asas se pueden desmontar para un mejor transporte dentro de la maleta pero, por contra, tiene un diseño que la hace dificil de ampliar en todos los sentidos, necesita de una fuente de alimentación con fondo de hasta 140 mm si deseas poder poner una tarjeta gráfica larga, además al poner una unidad óptica ya limitas poder poner un radiador de doble tamaño en la parte superior, poner dos ventiladores, o realizar un SLI o Crossfire, además de un diseño invertido que va en contra del flojo lógico del aire, para la ventilación.
Ya depende de lo que quieras sacrificar comprando una u otra.