Buf, hace mucho que no hago algo así, pero con el photoshop era de la siguiente manera: en una nueva capa se duplicaba la imagen de la carátula, se invertía y se colocaba debajo de la carátula, en la posición del reflejo.
A continuación se hacía una selección rodeando la imagen que tiene que formar el reflejo, se ponía un degradado de negro a blanco y se le modificaba la opacidad al gusto. Sencillo y rápido.
El programa que mencionas no lo conozco y no puedo ayudarte con él. De todas formas hay programas para hacer automáticamente ese tipo de cajas, como el Box Shot 3D y donde solo tienes que elegir el tipo de caja que quieres (libro, dvd, cd, etc. etc.) y la imagen que quieras y te lo hace todo automático.