Durante la instalación del custom firmware en una consola 3DS japonesa en qué idioma está? ¿inglés?

@Thundercracker99 si te refieres al payload de autoarranque Luma (y no al propio CFW de boot9), este fue creado en inglés pero existe un fork en español. Este fork también aplica a Rosalina.
De la misma manera, existen otros fork de Godmode9 y de FBI traducidos.
No obstante, por defeco (si sigues las guías primarias sin edición de archivos) tendrás el idioma inglés.

Así pues, el CFW solo podrá modificar el idioma en sus propios prámetros, es decir, no te cambiará el idioma de la propia consola. Para que ello ocurra tendrías que utilizar un ctrnand europeo o americano.

@Thundercracker99 Como te ha dicho el compañero, una cosa es el lenguaje en el que vienen las herramientas con las cuales se instala el CFW (que por lo general es en inglés) y otra el lenguaje del sistema de la consola (el cual para consolas de región JPN es únicamente japonés).

Saludos