1 - pregunta
si que afecta dependiendo de los r.p.m (revoluciones por minuto) el HD te irá mas rapido o más lento, a la hora de cargar el windows o de traspasar de un HD a otro o cosas así.
2 - pregunta
el disco duro siempre debe ir (recomendado) el el IDE primario y en master (maestro)
Saludos