Veamos ...
Respuesta 1: El buffer (o caché) es una memoria intermedia entre el disco duro y el bus de datos, donde se almacena temporalmente la información antes de ser procesada, en este caso, escrita al disco duro ó leída desde el mismo. Cuanto mayor es el tamaño del buffer, más rápido será el disco duro, por lo que uno que tiene 16Mb de buffer es más rapido que el de 8Mb. Esto no significa que sea el doble de rápido, ya que la velocidad del disco duro también depende de la velocidad de giro (en RPM) que tenga el disco. Así un disco de 10000 o 15000 RPM es más rápido que uno de 7200, teniendo ambos la misma cantidad de buffer.
Respuesta 2: Ningún problema a la hora de poner un Sata II, tan sólo tienes que poner los jumpers del disco de forma que limiten la transferencia de datos a 150Mb/s, que es la velocidad del Sata I. Yo tengo 2 discos Sata II funcionando sin problemas en una placa con puertos Sata I, con los jumpers configurados para Sata I. En cada disco se indica cómo se hace.
Respuesta 3: Deberías tener un poco en cuenta la marca del disco duro. Los samsung son bastante silenciosos, pero los de mejor calidad son los Western Digital.