Limitaciones en la BIOS por la capacidad de almacenamiento del SSD no encontraras, ningun SSD actual tiene una capacidad alta de almacenamiento.
¿Modificacion al BIOS para el arranque?, pues simplemente configura en BOOT PRIORITY a que busque en el SSD y omites a que busque en el HDD, vamos que un SSD a fines practicos es un HDD comun y corriente [con sus grandes ventajas]. No se si el gabinete que digas sea un adaptador, y para el BIOS el disco [SDD o HDD] que metas al gabinete ese siga apareciendo como un lector DVD, si ese fuera el caso, configuras en BOOT Priority al DVD/CD-ROM como primer dispositivo donde se busque el sistema operativo. Puedes dejarlo asi:
1. Unidades externas [memorias USB o discos duros externos USB]
2. tu unidad SSD [aquei repito, si lo metes al gabinete y para el BIOS ese gabiente es un DVD pues aqui dejas arranque desde DVD-ROM, y si aparece como el modelo del SSD pues simplemente eliges aqui tu unidad SSD]
¿Instalacion?, como no vas a tener ya unidad DVD, pus crearas una memoria USB de arranque o bien instlaras via red, aunque la primera opcion es la mas sencilla.
Ya en el instalador de windows, pues eliges tu unidad SSD donde instalaras windows, aqui ya depende si deseas dejar el winsdows que ya esta instalado en el HDD o si quieres omitirlo, si quieres conservarlos wl instalador te preguntara si quieres hacer un arranque DUAL, con lo que instalara en el SDD el administrador de arranque, donde te dejara elegir que S.O. quieres que arranque el sistema, asi cada que prendas la PC te preguntara si el S.O. en el SDD o el que esta ya en el HDD