Hola yo tengo una LanParty UT NF4 Ultra-D (no tiene SLI) montada en una caja AeroEngine Jr. y me encontré con ese mismo porblema.
La solución fué fácil, cogí un alicate de corte y me puse a "roer" la parte del ventilador que chocaba con el Karajan. Decirte que el Karajan no toca con las aspas y puedes hacerlo con total tranquilidad.
Las pase canutas para poner un venti ThermalRock
Sobre las conexiones no entiendo a cuales te refieres.
Si te hace falta una fotito de como ha quedao mi venti de 12 cm dimelo y lo cuelgo por aqui.
Saludines.