Pues mi duda es muy simple una vez creado el pendrive booteable si actualizas el ubuntu o instalas programas estos se instalan cuando instalas ubuntu en el hdd???
No se queda porque no tiene persistencia, tendrías que hacerlo tu con la partición. Otra cosa es que uses Sidux, basado en Debian, este si que lo lleva preparado. Y yo no usuaria mucho un pendrive como HD, dado que le recortas muchísimo la vida.
