Si no te he entendido mal, limpiaste la pasta que había y no pusiste nueva?
O limpiaste el ventilador, cpu, etc, por separado y volviste a juntar todo con los restos que había antes?
Si es lo primero, será fallo de temperatura casi seguro. Necesitas pasta.
Si es lo segundo, es raro que haya mal contacto por la pasta que había. Normalmente si la pasta se "sale" y contanta con los pines, directamente no arranca.
Quizá pudiera ser que al separar cpu y ventilador, si la pasta estaba ya muy seca, ahora al juntarlo no haga un contacto eficiente y te falle por temperatura.
Mi recomendación es que limpies todo bien, que te fijes que no hay restos de pasta vieja en los contactos y que apliques una nueva pasta.
Un saludo