Cuando el PC arranca, lee una partición "primaria", el sector de arranque. Aquí pone el sistema operativo que debe arrancar, en qué partición está. Va a arrancar igual de rápido si particionas el disco para poner los archivos aparte del SO.
Si lo que quieres es que arranque como una bala, puedes comprarte el caprichito de un disco SSD y poner en este el SO, y en disco que tienes ahora los archivos. Esto debe ser así porque los SSDs no tienen mucha capacidad (por un precio asequible).
Saludos.
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