vaya eso esta muy raro... yo lo he hecho y no deberia de dar problemas...
ten en cuenta que cuando abres el video en el virtualdubmob, si el audio es mp3, aparece un mensaje , donde te pregunta si deseas reescribir el encabezado... (do you want to rewrite the header?) debes de cancelar o poner no... si antes habias aceptado, vuelve a hacer lo que te explique antes a ver si se arregla....
si no se soluciona intenta esto:
vuelve a ir a Streams > streamlist, y selecciona el audio que quieres grabar... y presiona el boton demux y guarda el archvio de audio...
ya que tengas el audio aparte, vuelve a abrir el video, y elimina todos los audios... y guarda el puro video...
ese video lo vuelves a abrir y en Streams >stream list, presiona el boton de Add, y agrega el audio que extraiste hace un momento
entonces vuelve a guardar el video...
recuerda siempre debes de cancelar a la pregunta de reescribir el encabezado, y siemrpe debes de manejar el video como directstreamcopy
por cierto... dslsoto es mi hermano y cuando te conteste estaba usando su pc, y no me fije que tenia iniciada su sesion

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ya nos diras si pudiste solucionarlo
salu2