Yo prefiero sacar el aire caliente que meterlo dentro de la caja, aunque he visto casos en los que se tienen mejores temperaturas metiéndolo que sacándolo, dependerá del flujo de aire que tenga la caja también. En mi caso concreto, si los ponía metiendo el aire dentro de la caja, la tarjeta gráfica ganaba unos grados, y tengo 3 ventiladores frontales y uno trasero, lo mejor es que pruebes ambas formas y compares resultados por ti mismo, cada caja es un mundo.
Las tapas no las pongas tanto si los configuras metiendo como sacando aire, sacando es obvio que necesita que la salida no esté bloqueada, y metiendo necesita coger aire fresco de fuera y con la tapa no va a poder.
Saludos.