Claro que puedes descargar usando varios programas a la vez. Todo depende de como gestiones el ancho de banda.
Puedes combinarlos como quieras: Descargas Directas, Emule, Torrent. Si no lo configuras bien, ten por seguro que, o saturas la linea y la colapsas, o alguno de los programas no te ira bien.
Dedicandole un poco de tiempo al asunto y probando distintas configuraciones puedes hacer birguerias.
Por cierto, tambien puedes usar programadores para ir alternando los programas de descarga automaticamente (aumentando o disminuyendo el ancho de banda dedicado a cada uno).
Un saludo.