Sí, todo de nuevo. Tienes que tener en cuenta que la gran mayoría de aplicaciones tira de registro de windows para funcionar, y al hacer instalación nueva el registro de windows aparece de 0 otra vez. Si acaso alguna app aislada, pero suelen ser muy pocas (el WoW por ejemplo lo permite).
También hay apps que permiten exportar la configuración, como chrome o firefox.
