Hola, veamos no es que sea una persona muy conocedora sobre los firmwares de los lectores, por lo que los más sabios de por aquí que pasen por este topic que me corrijan si me equivoco.
Yendo al tema que preguntas, en principio si actualizas un firmware (a cualquiera, ya sea el original o cualquier otro), tu nunca consideras el firmware anterior que tuviese. De hecho cuando actualizaras del firmware original al "360FW-Toolbox-31B-Repack" que mencionas no considerastes si el firmware podría tener algún problema con el nuevo, solo lo pusistes porque sabías que funcionaría sin problema.
El hecho es que deberías poder actualizar al firmware anterior, considerando que lo tengas. Pero has de pensar que debes tener el firmware original con el "iXtreme_Hitachi_1.2_rev2". Supongo que tienes el firmware original junto con el restore.bat ese que dices.
Ahora, no se si harías un backup del firmware original cuando pusistes el firmware que usas ahora, y si ese backup serviría con el restore.bat.
Perdona por no serte de más ayuda, y suerte.