Thunderbird guarda sus datos:
c:\Users\TU_USUARIO\AppData\Local\Thunderbird\Profiles\
c:\Users\TU_USUARIO\AppData\Roaming\Thunderbird\Profiles\
Ahí puedes encontrar todo tu correo (imagino que la apliación que dices, copiará esas dos carpetas). Dentro de la segunda verás una carpeta con nombre raro, y dentro una llamada "Mail". Hay dentro están todos tus correos, cada carpeta es un fichero, y los correos están unidos dentro. Puedes copiar los con otro nombre, y aparecerá una carpeta nueva en Thunderbird, y de ahí sacar el correo que quieras, y luego borrar esa "carpeta" nueva duplicada.
No se si te ayudará.
Un saludo.
